בעניין הזה יש לנו מקור בתלמוד בבלי מסכת מנחות דף לה עמוד א: "ואמר אביי: שי"ן של תפילין הלכה למשה מסיני, וצריך שיגיע חריץ למקום התפר; רב דימי מנהרדעא אמר: כיון דמנכר לא צריך".
מהאמור בגמרא לא התברר לנו אם השיני”ן צריכות להיות בולטות או שוקעות. לא מובן גם אם החריץ הוא חלק של השי"ן או שלא קשור לשי"ן כלל אלא מפריד בין הבתים בלבד. עלינו לברר ולבאר את זה.
מסביר בספר התרומה מפתח הסימנים הלכות תפילין סימן רח: "משפט השי”ן אמר אביי שי”ן של תפילין הלכה למשה מסיני. וצריך שיגיע חריץ למקום התפר רב דימי מנהרדעא אמר כיון דמינכר תו לא צריך. פירוש עושה בבית החיצון מימין הקורא קמטין כמין שי"ן ובתוכה שני יודי"ן מקמט העור ובבית החצון לצד שמאל הקורא עושה קמט העור כמין שי"ן ממש שאין בתוכ' רק יו"ד אחד, וכתוב בשמושא רבה ובעי דליצור בקולפא דביתא צורא דשי"ן דימינא תלתא רישי ודשמאלא ד' רישי ואי אפכא לא הוי פסול. ונראה כי ימינא ושמלא דקאמר היינו של מניח כמו שפירשתי כתוב בתקון אחר וכן רגילין לעשות וגם צריך קמט השי"ן ארוכ' עד למטה עד מקום התפר והיינו דקאמר צריך שיגיע חריץ של שי"ן אבל חריץ אמצעי דהיינו היודי"ן שבתוכה אינן צריכים ארוכות כל כך לפי שעתה שהם קצרו' נראה יותר כעין שי"ן ורב דימי מנהרדעא פליג ואמר אינו צריך שיגיע חריץ למקום התפר. מכל מקום עבדינן לחומרא כאביי. אבל רבינו שלמה פי' בעניין אחר וצריך שיגיע חריץ של הבדלת הבתים עד התפר. כלומר עד בית מושבו דהיינו עד התיתורא. אבל בחריץ של קמט השי"ן לא מיירי ולעיל נמי הזכיר חריץ בברייתא על הבדלת הבתים עד התפר. כלומר עד בית מושבו. אבל בחריץ של קמט השי"ן לא מיירי. ולעיל נמי הזכיר חריץ בברייתא על הבדלת הבתים דתניא ואם אין חריצן ניכר פסולות".
כתב הרמב"ם בהלכות תפילין ומזוזה וספר תורה פרק ג הלכה יא: "וצריך שיגיע החריץ של תפילין של ראש עד מקום התפר, ואם היה החריץ ניכר כדי שיהיו ארבעה ראשין נראין לכל ואף על פי שאין החריץ מגיע למקום התפר כשרות, ואם אין חריץ ניכר פסולות".
והסביר הגהות מיימוניות הלכות תפילין ומזוזה וספר תורה פרק ג הלכה יא: "וכן פירש"י הא דאמר פרק הקומץ צריך שיגיע חריץ למקום התפר דקאי על חריצי הבתים. וכן משמע בברייתא גבי בתים דתניא אם אין חריצן ניכר פסולות וכן פירש בערוך. ורבותינו פירשו פירוש אחר דקאי על קמטי השי"נין מבחוץ ע"י בסה"ת וס"ע".
ופירש כסף משנה הלכות תפילין ומזוזה וספר תורה פרק ג הלכה יא: ומ"ש שצריך שיגיע החריץ עד מקום התפר. (שם דף ל"ה) אמר אביי צריך שיגיע חריץ למקום התפר רב דימי אמר כיון דמינכר תו לא צריך. ופרש"י וצריך שיגיע חריץ שבין בית לבית עד מקום התפר למטה כלומר עד בית מושבו דהיינו תיתורא. והרא"ש כתב שי"מ שחריץ של שי"ן דהיינו חודה של שי"ן למטה יגיע עד איחוי התפר וכפי' זה נראה, ונהגו כשני הפירושים להגיע חריץ השי"ן וחריץ הבדלת הבתים עד התפירה לחומרא כאביי ודלא כרב דימי עכ"ל".
והרא"ש העיד שבעניין החריץ נהגו כשתי הדעות, וזה לשונו בהלכות קטנות לרא"ש (מנחות) הלכות תפילין סימן יח: "וצריך שיגיע חריץ למקום התפר. פירוש חריץ של שי"ן למטה יגיע עד מקום התפר. ורש"י פירש צריך שיגיע חריץ של הבדלת הבתים עד מקום התפר. ופירושו נראה מדאמר של שי"ן ולא אמר של תיתורא. ונהגו כשני הפי' להגיע חריץ השי"ן וחריץ הבדלת הבתים עד התפירה וחומרא כאביי ודלא כרב דימי".
מהאמור יש ללמוד בעניין השיני"ן שהן נעשות מקמטי העור. ובעניין החריץ ישנן שתי דעות: אחת אומרת שמדובר בחריץ של שי"ן, ושנייה שמדובר בחריץ של הבדלת הבתים.
הנה גם רבינו יהונתן על הרי"ף הלכות תפילין (לפי דפי הרי"ף) דף ז עמוד א סבור בעניין השיני"ן שהן נעשות מקמטי העור, כמה שכתב: "ושי”ן של תפלין, לבית החיצון מן הצד של ימין עושין כמין קמטין דקין כקלף ונראין כמין שי”ן של ד' ראשין ובצד שמאל שי”ן של ג' ראשין. וצריך שיגיע חריץ, שבין בית לבית עד מקום התפר למטה כלומר עד בית מושבן. מר סבר כיון דמינכר חריץ למעלה קצת אין צריך להגיע למקום התפר".
אמנם כנגד כל הדעות האומרים שיש לעשות שי"ן מקמטים הנה בעל ספר אור זרוע חלק א הלכות תפילין סימן תקסג העיד שהיו כאלה שקבעו הבית בדפוס ועליו חקוק שי"ן בולטת ע"י שהיו דוחקין עור הבית על הדפוס וכך נבלתה השי"ן, וזה לשונו: "אמר אביי שי”ן של תפלין הלכה למשה מסיני. פי' רבינו אליקים שי"ן של תפלין שדוחק הבתים מלמטה ביחד ומתרווחין מלמעלה ונראין כעין שי”ן ע"א שבשני הבתים החיצונים מכוין את העור ועושהו כמין שי"ן אחת בבית זה ואחת בבית זה עכ"ל. ובשימושא רבה של תפלין כתוב צורתה דשי"ן דימינא ג' רישין ודשמאלא ד' רישין ואי אפיך לית לן בה. ומורי הרב רבינו יהודה החסיד כ' [לטטפת ב'] לטוטפות ב' לטוטפות ב' הרי שש ולזכרון א' הרי שבע אלו שבע חוליות. ג' בשי”ן אחד. וד' בשי"ן שניה. וזה לשון מורי הרב רבינו שמחה עושה בדופני בתים החיצונים הרואים את האויר. מצד בית שמאל המניח שבו פרשת קדש קומטין העור כמין שי”ן שיש בה שני יודין ומצד ימין ביו"ד אחד. ויש שקובעין הבית בדפוס ועליו חקוק שי"ן בולטת ודוחקין עור הבית על הדפוס והיא נעשית כיון ויש לה תואר שי"ן בחוליותיה ובזיונה יותר משי"ן מקומטת בעור והשי"ן בולטת כעין ציץ. דתניא פ"ב דגיטין לא היה כתבו שוקע אלא בולט ואפי' גואי ורושמו מחרץ חריץ דלא הוה כתב לענין גט משום דכתיב בי' וכתב והאי ממילא. אבל שי"ן של תפלין דיו שתהא עשוי' בכל ענין בין ממילא בין בידים מסתבר דמהני. וכש"כ שדוחק מאבראי ובולט מגואי כמין ציץ דאפי' גבי גט הוי כתב בפ"ב דגיטין ומאן לימא לן שאם היו הבתים לבנים אם כתב השינ"ין דלא הוה מהני אלא כיון דהלכתא גמירי לה אין לנו אלא בקבלת זקנים שהם פירשו וגם תפליהן השי"ן שלהם עשוי מקמטין של עור. ודילמא הכי גמירי לה עכ"ל. אמר אביי שי"ן של תפלין הל"מ וצריך שיגיע החריץ למקום התפר. רב דימי מנהרדעא אמר כיון דמינכר לא צריך. פי' רבינו אליקים וצריך שיגיע חריץ שמבית לבית עד מקום התפר שהיא תיתורא. ר"ל דקאי אדלעיל דתניא גבי בתים ואם אין חריצן ניכר פסולות ואתי אביי לומר דבעי' שיהא מגיע עד מקום התפר של תיתורא. ורב דימי מנהרדעא אמר כיון דמנכר דאיכא חריץ לא צריך טפי. ואין נראה זה למורי ה"ר שמחה דא"כ ה"ל לאפלוגי לעיל אברייתא של בתים והכא בשי"ן מיירי. ונראה לו לפרש דאביי אחריץ של שי"ן קאי דחריץ של שי"ן שהוא מקומט אותו חריץ תחתיתו של שי”ן צריך שיגיע למקום התפר ופי' מורי ה"ר שמחה דלכתחלה עבדינן כאביי ובדיעבד לא פסלינן כרב דימי מנהרדעא".
הנפקא מינה לעצם העניין אם השיני”ן הן בולטות או שוקעות, שהרי פירוש מלת 'קמט' הוא חריץ בעור בעקבות זקנה, מאמץ, וכד'. נמצא שכל הפוסקים הנ"ל מדברים על שיני"ן שוקעות. וראייה לכך לשון הגמרא חריץ אליבא דסוברים שמדובר בחריץ של שי"ן, שהרי פירוש מלת 'חריץ' הוא סדק, נקיק, ואם נניח שקמט הוא בליטה בעור לא נצליח להסביר חריצו של שי"ן בשום פנים!
והנה רבי יונתן בן עוזאל בתרגום דברים כח,י משתמש במלה חקיק, וזה  לשונו: "ויחמון כל עממי ארעא ארום שׁמא דיי חקיק בזמן דִתפִילִין עלך וידחלון מנך". חקיק של מה? מדובר על שי"ן, כמה שמובא בתיקוני זוהר כו,א: "שי"ן שׁל תפלין דא אימא עִלאה, עה אִתמר וראו כל עמי הארץ כי שם ה' נקרא עליך ויראו ממך, שׁי"ן סליק אתווי ש"ס, ה' דיד כהה שׁס"ה, ורמ"ח פקודִין דכלִילן ברמ"ח תיבִין דקריאת שׁמע בארבע פרשׁיין, הא תרי"ג, עלייהו אתמר זה שׁמי לעלם וזה זכרי לדר דר, שׁמ"י עם י"ה שׁס"ה,  זכר"י עם ו"ה רמ"ח, וכלא תרי"ג, אורייתא איהי שׁמא דקודשׁא בריך הוא."
על ששי"ן היא שוקעת כי נעשית חריצים מובא גם בספר העיטור שער א הלכות תפילין דף נח טור א: "ואמר אביי שי"ן הלמ"מ והוא שעושין רשומן ניכר בעור קמטין הדומה לשי"ן כנגד הבתים החצונים כדכתוב לעיל וצריך שיגיע חריץ למקום התפר של ד' בתים שבין בית לבית והוא ניכר ונחלק כל בית בפני עצמו עד מקום התפר ולא נהירא לן דמ"ט דאביי במימרי' בשי"ן של תפלין גבי תותירא הול"ל וא"נ לעיל בנותן חוט ומשיחה ביניהן. ומסתבר לן דאביי קאי אשי"ן של תפלין צריך שיהיה מגיע למקום התפר שיהא חריץ השי"ן גדולה עד למטה וכן המנהג ורב דימי אמר כיון דמנכר תו לא צריך ומסתב' לן דבש"י נמי איכא שי"ן ובגמרא דשבת איכא נוסחא דכתיב בהו ואמר אביי ד' של תפלין ויו"ד של תפלין הלמ"מ כדאיתא לקמן ולא נהיר לן".
וכן הביא רבינו ירוחם תולדות אדם וחוה נתיב יט חלק ד דף קע טור ב: "שי"ן של תפלין הלכה למשה מסיני וצריך שיגיע חריץ למקום התפר. פי' חריץ של שי"ן דהיינו חודה של מטה יגיע עד מקום התפר. ופר"שי צריך שיגיע חריץ של הבדלת הבתים עד מקום התפר וע"פ אלו הב' פירושים נהגו לשניהם שיגיע הבדלת הבתים עד התפר וכמו כן חודה של שי"ן".
ובעל ספר מצוות קטן מצוה קנג אומר במפורש שעשיית השי"ן מקמטי העור היא שי"ן שקועה ומוסיף טעם לדבר, וזה לשונו: "ואמר אביי (הקומץ דף ל"ה ושבת ס"ב) שי"ן של תפילין הלכה למשה מסיני וכתוב בשימושא רבא שתי שיני"ן אחד מימין ואחד משמאל, של ימין משלשה ראשין, ושל שמאל מארבע ראשין, ואמניח קאי ואומר לנו הר"י ב"ר שניאור דאותה של הארבע ראשים כמו שי"ן של לוחות דהוי מן החקיקה וכן היא נעשית מקמטי העור ואמרינן בפרק הקומץ (שם) צריך שיגיע חריץ למקום התפר (פי' אותן חריצין שהשי"ן נעשה בהן) וי"מ חריץ שבין בית לבית".
נמצאנו למדים שרוב ככל הראשונים סבורים שהשיני”ן צריכות להיות שוקעות!
המגיה בספר מצוות גדול עשין סימן כב מסביר יותר צורך שיני"ן שוקעות, וזה לשונו בהגה: "ואני הנקדן האומן לעשות תפילין קשה בעיני פירוש זה של שני יודין לפי הטעם שמעתי על שני השיני"ן מתלתא רישי ומארבע רישי דהוא כנגד שתי הכתיבות שיש לנו, כתב הלוחות וכתב ספר תורה, כתב הלוחות היה כתיבה שוקעת שנאמר חרות על הלוחות הרי שכל האותיות היו מן האויר נמצא שיש לשי”ן ארבעה דפנות לשלשה אוירות היא שי”ן לארבעה ראשין של קמטים ונעשין שי”ן משלשה האוירות, ואם היו שם שני יודין לא תהיה בגופו שי”ן לפי שהראש אמצעי צריך שיגיע עד שולי השתים בכתיבה נפרדים וכן לשוקעת, והשנית כתיבה בולטת הוא כתב ספר תורה שכתבו משה שהוא בולט על הקלף. לפיכך שי”ן של ד' ראשין כנגד שי”ן של קדש היא ראשונה לבתים כמו שכתב הלוחות קודם לכתב ספר תורה ועוד שהוא כתב הבורא ראוי להיות ראשון וכן קבלתי מכל מלמדי כי קדש כנגד שי”ן לארבע ראשין, ואם כדברי המחבר נאמר שכתב הלוחות על ימין המניח. ומכל מקום קבלתי שאין קפידא בהם ואין פסול אם החליף".
גם הרב יוסף קארו מסביר ששיני"ן צריכות להיות שוקעות ונעשות מקמטי העור, וזה לשונו בבית יוסף אורח חיים סימן לב אות מב ד"ה ומ"ש רבינו: "כתב הלוחות היה כתיבה שוקעת שנאמר (שמות לב טז) חרות על הלוחות הרי שכל האותיות היו מן האויר נמצא שיש לשי"ן ארבע דפנות לשלש אוירות היא שי"ן לארבעה ראשי"ן של קמטים ונעשה שי"ן משלש האוירות ואם היו שם שני יודי"ן לא תהיה בגופו שי"ן לפי שהראש אמצעי צריך שיגיע עד שולי השתים בכתיבה ספרדית וכן לשוקעת והשניה כתיבה בולטת היא כתב ס"ת שכתבו משה שהוא בולט על הקלף לפיכך שי"ן של ארבעה ראשין כנגד שי"ן של קדש היא ראשונה לבתים כמו שכתב הלוחות קדם לכתב ס"ת ועוד שהוא כתב הבורא ראוי להיות ראשון וכן קבלתי מכל מלמדי כי קדש כנגד שי"ן לארבעה ראשין ואם כדברי המחבר נאמר שכתב הלוחות על ימין המניח ומכל מקום קבלתי שאין קפידא בהם ואין פסול אם החליף עכ"ל: וכו' ושמעתי שהאשכנזים נזהרים בכך שמקמטים העור במלקט על ידי כפילה שכופל מהעור עד שנעשים סעיפי השיני"ן בחקיקת ירכות אבל אנו נוהגים לעשות השיני"ן בדפוס וגם בארחות חיים כתוב שיש אומרים שאין לחוש בזה ופוק חזי מאי עמא דבר עכ"ל".
בעניין פסק הלכה מרן רבי יוסף קארו אומר מצד אחד בשולחן ערוך אורח חיים הלכות תפילין סימן לב סעיף מב שהשי"ן צריכה להיות בולטת, וזה לשונו: "שי"ן של תפילין, הלכה למשה מסיני שיעשה בעור הבתים של ראש כמין שי"ן בולטת מקמטי העור, אחד מימינו ואחד משמאלו. של ימין המניח, של ג' ראשים, ושל שמאל המניח, של ארבע ראשים. הגה: מיהו אם היפך, אינו נפסל".
אך מצד שני בשולחן ערוך אורח חיים הלכות תפילין סימן לב סעיף מג משייך חריץ לשי"ן ולא לפירוד בין הבתים כלומר מודה בשי"ן שוקעת, וזה לשונו: "חריץ של שי"ן, דהיינו חודה למטה, יגיע עד מקום התפר".
ולי ונראה להסביר שהשי"ן היא הצורה שנוצרה בין החריצים.
ודרך אגב מהתלבטות הפוסקים לאן לשייך החריץ ומהמסקנה שחריץ שייך לשי"ן ולא לפירוד בין הבתים מקבלים הוכחה נוספת על צורת הבתים הנכונה אשר הצגנו בפרקים הקודמים, וכך שוללים לחלוטין צורת הבתים המקובלת בזמננו (כאשר כל ד' הבתים מסודרים בשורה) לסיבה שבשני הצדדים אין שום חריץ.